La première mission de Shepard, qui s'est adjoint les compétences de Teila, s'est soldée par un échec. Surpris par les Races dont il devait localiser la base et pris à la gorge par une créature de type parasite, il regagne en catastrophe la navette Jumper One. Mais au moment de s'engager dans la porte des étoiles, la navette reste coincée dans le vortex. Shepard est à l'agonie et la porte se refermera automatiquement 38 minutes plus tard, entraînant la destructuration de Jumper One et la mort de son équipage. Depuis Atlantis, le Dr Weir organise un plan de sauvetage pendant qu'à bord Rodney tente anxieusement de sortir de l'impasse.