Jeune homme discret, Jake est appelé en urgence chez Abe, son grand-père, qu'il adore. Arrivé sur place à la nuit tombée, il retrouve Abe dans un bois tout proche, un couteau ensanglanté dans la main. Avant de rendre son dernier souffle, celui-ci lui tient des propos incohérents et lui demande de se rendre au pays de Galles, sur une île semble-t-il chargée de mystères où il y aurait un foyer pour enfants dirigé par une certaine Miss Peregrine. L'établissement qu'Abe lui dit avoir fréquenté abriterait de jeunes gens aux pouvoirs extraordinaires. Jake décide de s'y rendre.